במסגרת פרשת חברת התרופות פרומדיקו, מורשע אלי הורביץ בעבירות מירמה לפי פקודת מס הכנסה. פרומדיקו, חברת בת בבעלותה של טבע, לא ניכתה מס במקור בסך של 2.2 מיליון דולר אשר הועברה לחברה בבעלות משקיעי חוץ. במהלך המשפט מעידים פוליטיקאים, פרופסורים ואנשי עסקים רבים בזכותו של הורביץ. לבסוף נדון הורביץ למאסר על תנאי למשך שנה וחצי ולקנס בסך של 700 אלף שקל. הורביץ ממשיך בתפקידו כמנכ"ל טבע, זאת לאחר הבעת אמון מלא בו מצד דירקטוריון החברה.
במרץ 1999 מגיש אלי הורביץ ערעור לבית המשפט העליון בטענה כי על המעשים בהם הורשע חלה ההיתיישנות וכי הורשע על פי גירסה אשר במקור לא הופיע בכתב האישום.