באוגוסט 1946 התגייס קינן לארגון המחתרת לח"י (לוחמי חירות ישראל). הארגון ביצע פעולות טרור נגד שלטון המנדט הבריטי על מנת להגיע לעצמאות מדינית. מפקדו של קינן בלח"י היה יצחק שמיר. רוב הפרטים על פעולותיו של קינן בלח"י שמורים בסוד עד היום. ב - 1948 עזב קינן את הלח"י והתגייס לצה"ל.