ב-1952 הועמד קינן לדין בבית המשפט המחוזי באשמת הטלת פצצה על ביתו של שר התחבורה דאז, פנקס. בחקירה המשטרתית הוא תבע לעצמו את זכות השתיקה וסרב לענות לשאלות החוקרים. קינן יצא זכאי בבית המשפט המחוזי, אך התביעה הגישה ערעור. במשך שלשה חדשים הוא היה כלוא בבית המעצר ביפו בציפייה למשפט ולבסוף זוכה בבית המשפט העליון, מחוסר ראיות.