אמנון ליפקין נולד ב-18 למרץ 1944, בתל אביב לשרה, אחות, וצבי, מבעלי קולנוע "הוד" ואוהד המפלגה "הציונים הכלליים".
הוא נרשם לתיכון עירוני א' בעיר, אולם נהג לברוח מבית הספר. לאחר שנה החליטו הוריו כי מוטב שיירשם לפנימיה הצבאית שליד בית הספר הריאלי בחיפה.
ליפקין הוא בוגר מחזור ח' של הפנימיה. באותו מחזור למד עמו מי שעתיד להיות סגנו כשימונה לרמטכ"ל, מתן וילנאי.