ב-1959 נבחר פרס כחבר כנסת מטעם מפא"י. מאז כיהן פרס בכל הכנסות, מטעם מפלגות שונות, רפ"י, המערך, מפלגת העבודה וישראל אחת. באותה שנה מונה גם לסגן שר הביטחון, תפקיד בו כיהן עד 1965. במהלך כהונתו בתפקיד עודד פרס את המחקר הביטחוני.