את שירותו הצבאי עושה סוקניק בקומנדו הימי, ביחידה ש-13, שירות סדיר וקבע עד 1974. בתחילת שנות השמונים הוא השתתף ב"מבצע משה" - הברחת יהודי אתיופיה לישראל דרך הים האדום.