מיכאל אלכסנדרוביץ' בקונין נולד בטבר שברוסיה למשפחה מן האצולה הנמוכה. ב1829 התקבל למכללה הצבאית בסנט. פטרסבורג. בין 1832-1835 שירת כקצין ברוסיה ופולין. ב-1835 מאס בקונין בצבא ולאחר שנפקד מן השירות, שוחרר.
בין 1836-1840 חילק את זמנו בין עיר הולדתו למוסקבה, שם למד פילוסופיה ועסק בקריאת כתבי הגל ופיכטה.
ביוני 1840 עזב את רוסיה לטובת גרמניה, והתיישב בברלין לשם השלמת לימודיו. בברלין התחבר עם ההגליאנים הצעירים.
לאחר שהות קצרה בשוויץ ובלגיה, התיישב, ב1842, בפאריז - מעוז המהפכנים.
שהותו בפאריז הותירה בו רשמים עמוקים. בפאריז פגש את מארכס ופרודון, התחבר עם אינטלקטואלים רדיקליים ועם פליטים פולנים רבים ששהו בעיר באותה עת.
בדצמבר 1847 גורש מפאריז לאחר שב29 בנובמבר נשא נאום תמיכה בפולנים החפצים להשתחרר מן העול הרוסי. הוא חזר לפאריז שנה לאחר מכן, על-מנת לקחת חלק במהפיכת פברואר 1848, אך עזב אחרי כחודש לכיוון פולין מתוך כוונה להגיש עזרה למהפכנים הפולנים.
הוא נעצר בברלין ושוחרר תמורת הבטחתו שלא להמשיך במסע. ביוני של אותה שנה השתתף בקונגרס הפאן-סלאבי בפראג. גישתו הפאן סלאבית של בקונין התאפיינה ברגש אנטי-גרמני חזק, ואמונה בכוחה של האיכרות הרוסית להוביל את אירופה לקראת מהפיכה.
ב-1850 נעצר על ידי שלטונות סקסוניה לאחר שהוביל נסיון הפיכה בדרזדן. הוא הועבר לשלטונות אוסטריה אשר ב-1851 הסגירו אותו לרוסיה, שם נידון לעבודות כפייה בסיביר.
ב5 באוקטובר 1858 נישא לנערה פולניה בשם אנטוניה קביאטובסקי.
ב-1861 הצליח לברוח ממחנה העבודה בסיביר ועבר להתגורר בלונדון. הקלות היחסית של בריחתו העלתה שמועות כאילו היה סוכן של הצאר, זרז לשמועות היווה הפאן-סלאביזם המופגן שלו.