מלחמת יום כיפור פרצה ב-6 באוקטובר 1973. המלחמה הותירה תחושה קשה בעם של מחדל ושאננות בהם לקו הדרג המדיני והצבאי ערב המלחמה. עקב כך הוקמה לאחר המלחמה ועדת חקירה ראשות נשיא בית המשפט העליון אגרנט, שהמליצה בין השאר על הדחתו של הרמטכ"ל, דוד אלעזר.
למרות שהוועדה לא מצאה את מאיר כלוקה באחריות ישירה לפרוץ המלחמה, היא החליטה להתפטר מתפקידה באפריל 1974.
מאיר נפטרה בדצמבר 1978.