באוגוסט 1948 הקים את מפלגת חרות ונבחר מטעמה לכנסת. חרות הפכה לימים לגח"ל, שגם בראשה עמד בגין, ושימשה אופוזיציה למפלגת השלטון מפא"י. בשנות ה-50 עמד בראש המאבקים נגד מתן שילומים מגרמניה. בשנת 1952 הושעה מחברותו בכנסת למשך שלושה חודשים בעקבות הפגנה סוערת שהנהיג נגד השילומים. באותן שנים הוקצן דימויו על ידי ראש הממשלה בן-גוריון, שסירב להכיר במפלגת חרות ובדרכה, ונמנע בעקביות בלקרוא לבגין בשמו. הוא נהג לכנותו "חבר הכנסת שיושב ליד חבר הכנסת בדר".
בשנים 1948-1966 כיהן בגין בכנסת כחבר בוועדת חוץ וביטחון וועדת חוקה, חוק ומשפט.