בשנת 88' פתחה מחלקת המכס חקירה נגד שני האחים בחשד להעלמת מס בהיקף של כשני מיליון שקלים. לטענת החוקרים, שתי החברות של האחים, "משה ויגאל גינדי בוני ערים בע"מ" ו-"בנייני מ.י. גינדי הנדסה ופיתוח בע"מ", נמנעו מלשלם מע"מ בגין עשרות משרדים ודירות שבנו. מאוחר יותר, החברות העבירו את המשרדים והדירות לשימושן העצמי, ללא דיווח לשלטונות המס, כפי שנדרש בחוק.
במשפטם טענו האחים כי טעותם נעשתה מתום לב, מתוך אי בקיאות בחוק. בסופו של דבר נסגרו התיקים נגד משה ואחיו. מנכ"ל המכס דאז, מרדכי ברקת, סרב לספק מידע כלשהו על הסיבות לסגירת התיק.