בעקבות סכסוכים בין המתיישבים ופקידות הבארון שניהלה מטעמו את המושבות, מסר רוטשילד בשנת 1900 את כל מפעלו בארץ ישראל לידי חברת יק"א, והסיר את אחריותו הישירה מהתפתחות המושבות. בשנת 1924 הקים את חברת פיק"א שאותה ניהל בנו ג'ימס שקיבלה על עצמה את ניהול כל המפעלים הכלכליים והמושבות של הבארון.
רוטשילד המשיך באמצעות אותן חברות בהשקעותיו בארץ-ישראל, ברכישת קרקע, בפיתוחם החקלאי של המושבות ושל יישובים חדשים ובפעילות פילנטרופית ענפה שכללה תרומות רבות למוסדות ציבור ובהם בתי חולים, בתי מחסה לעניים ובתי ספר.
רוטשילד סייע לחיים ויצמן בקבלת הצהרת בלפור, ובשנת 1929 נבחר לנשיא הכבוד של הסוכנות היהודית.
ברבות הימים כונה "אבי הישוב" בשל פעילותו הפילנטרופית ועזרתו בהקמת וביסוס היישוב היהודי החדש בארץ-ישראל.
נפטר בשנת 1934, עצמותיו ועצמות רעייתו עדה, הועלו לארץ בשנת 1954 ונטמנו באחוזת הקבר ברמת הנדיב שליד זכרון יעקב.