הפרשה נפתחה שוב בשנת 1958, במהלך משפטו של סוכן כפול שהיה מעורב על פי החשדות בפעולה במצרים. בסוף שנות החמישים דחה בן גוריון פניה אישית של לבון לטיהור שמו, אך ועדה של שבעה שרי ממשלה קבעה שלבון לא נתן את ההוראה ולא ידע על המבצע במצרים.
בעקבות קביעה זו התפטר בן גוריון מתפקידו.
לאחר הבחירות לכנסת בשנת 1961 התנה בן גוריון את קבלת תפקיד ראש הממשלה ושר הבטחון בהדחתו של לבון מתפקידו במזכ"ל ההסתדרות הכללית.