לאחר עליתו ארצה היה חבר מפקדת ההגנה בין השנים 1940-1946.
היה ראש המטה הארצי של ההגנה בשנים 1941-1946. בתפקיד זה נטל חלק במאבק נגד המנדט הבריטי, פעל לריכוז ההתגייסות של היישוב העברי נגד הצורר הנאצי. הוא הצליח להמלט מן הבריטים והגיע בשם סנה לפאריס. שם פעל בהנהלת הסוכנות ובארגון ההעפלה לארץ.
בילי 1946 כאשר הפסיקה ההגנה את התנגדותה לבריטים, התפטר סנה מתפקידו כראש המטה הארצי.