ג'ון פיצג'רלד קנדי נולד בברוקלין, מסצ'וסטס. אביו, המיליונר ממוצא אירי, ג'וזף קנדי, היה כלכלן, ובין השנים 1938-1941 שירות כשגריר ארה"ב באנגליה. לג'וזף ורוז קנדי נולדו 9 ילדים, את הבכור שבהם - ג'וזף קנדי, הועידו לקריירה פוליטית, אך הוא נספה במלחמת העולם השנייה. כך, עם הבכורה, עבר הייעוד הפוליטי לג'ון הצעיר. מות הבן לא היתה הטרגדיה היחידה שעברה על בני הזוג; ב- 1918 נולדה בתם רוזמרי, אשר נתגלתה כלוקה בשכלה, ב- 1920 נולדה קתלין קנדי, אשר נפטרה בתאונת מטוס ב- 1948 (שנה לאחר שנספה בעלה, בתאונת מטוס גם הוא). רוברט קנדי, שנולד בשנת 1925, נרצח בשנת 1968.
ג'ון קנדי סיים לימודיו באוניברסיטת הרוורד בשנת 1940. עבודת הסיום שלו הופצה כספר: "מדוע ישנה אנגליה" (Why England Slept).