ב- 1960, שנת כהונתו הראשונה של קנדי כנשיא, החלו הרוסים בבניית חומה במרכז ברלין שמטרתה - לעצור בעד תושבי מזרח העיר לעקור למערב. חרושצ'וב הגדיל לעשות, ואיים לפתוח במשא ומתן עם מזרח גרמניה. קנדי מיהר לטוס לברלין ולהביע הזדהות עם הברלינאים, אשר התנגדו לחלוקת העיר. בנאומו בברלין הצהיר קנדי: "הנני ברלינאי!". אולם חרף הצהרה זו, נבנתה החומה והפכה לסמל להפרדה בין המערב הקפיטליסטי למזרח הקומוניסטי ולאיבה שאיפיינה את המלחמה הקרה. על אף שנכשל בנסיונו למנוע חלוקת ברלין, נחל קנדי הצלחה דיפלומטית, כאשר הביא את חרושצ'וב לחזור בו מאיומו לפתוח במשא ומתן עם גרמניה המזרחית.