לוק נולד ברינגטון, במחוז סומרסט שבמערב אנגליה. אביו היה עורך דין אנגליקני, אשר לחם נגד בית המלוכה במלחמת האזרחים של 1642.
כנער, התחנך בבית ספר בוסטמינסטר, ובשנת 1652 החל לימודיו באוניברסיטת כנסיית הצלוב (Christ church) באוקספורד. בתקופת לימודיו באוקספורד התמחה בתחומי הרפואה, הספרות והפילוסופיה.
תואר ראשון הוענק לו ב- 1656 ותואר שני ב- 1658.
נוכח היותו תלמיד מצטיין, מונה לוק למרצה ליוונית, רטוריקה ופילוסופיה באוקספורד. במשרה זו החזיק עד שנת 1667, עת קיבל עליו את תפקיד יועצו, רופאו וידידו הקרוב של הפוליטיקאי הפרו-פרלמנטרי, לורד אשלי (הרוזן משפטסברי). לוק עבר להתגורר באחוזתו של אשלי בלונדון, שם התרועע עם מיטב אנשי הרוח של אותה עת.
ב- 1668 צורף לוק לחברה המלכותית היוקרתית, אשר ריכזה מדענים בריטים שונים. במוסד זה פגש את המדען המפורסם אייזק ניוטון, פגישה אשר הותירה בלוק רשמים עמוקים.
בשנת 1675 עבר להתגורר בצרפת, וארבע שנים לאחר מכן חזר לאנגליה מולדתו.
עם חזרתו, גילה לוק כי מעמדו של שפטסברי התדרדר, לאחר שביקש להפיל את המלך החדש. ב- 1682 יצא שפטסברי לגלות מרצון בהולנד, שם נפטר שנה לאחר מכן.
בראותו כי בשל חברותו עם שפטסברי, היה המלך עויין לו, מיהר לוק בספטמבר 1683 להגר לאמסטרדם.
בשנת 1688 פרצה באנגליה "המהפיכה המהוללה", אשר פתחה שוב את דלתות בריטניה בפני לוק ופליטים פוליטיים אנגלים אחרים.
ואכן, ב- 1689 חזר לוק ללונדון.
בשל מחלת האסטמה ממנה סבל, נאלץ לוק, ב- 1691, לעזוב את לונדון לטובת אחוזתו של סר פרנסיס משם (Masham) באסקס. את שנותיו האחרונות בילה באחוזה זו.