1667 - "מסה על סובלנות" ("An Essay Concerning Tolerance").
1689 - "איגרת על הסובלנות" ("Epistola de Toleratia"); לאיגרת זו נוספו 3 איגרות נוספות עם השנים. מטרת האיגרות כולן היא הגנה ליברליסטית על חופש הדת והפולחן.
1690 - "שתי מסות על השלטון המדיני" ("Two Treatise on Government"); המסות עוסקות בלגיטימיות ריבונית. החשובה שבהן היא המסה השנייה, אשר היוותה את הבסיס להצהרת העצמאות האמריקנית.
1690 - "מסה על שכל האדם" ("An Essay Concerning Human Understanding"); המפורסמת מבין עבודותיו של לוק. זוהי עבודה אפיסטמית, אמפיריציסטית במהותה, המנסה לבחון את גבולות הידיעה ומקור הדעת.
1693 - "כמה הרהורים על חינוך" ("Some Thoughts Concerning Education"); כאן מדגיש לוק את חשיבותו של תהליך החינוך בעיצוב אופיו של הנער.
1695 - "הגיונותה של הנצרות" ("The Reasonableness of Christianity"); ניתוח רציונלי של הנצרות.
בנוסף לכתביו הפילוסופיים, פירסם לוק, במסגרת תפקידו במועצה למסחר וועדת המטבע, מאמרים בתחום הכלכלה.