ג'ון סטיוארט מיל נולד בלונדון, בנו הבכור של הפילוסוף התועלתן הנודע, ג'יימס מיל. ג'יימס מיל היה אינטלקטואל חריף וככל הנראה, אב קשה. את חינוך בנו, סירב לשים בידיים זרות, וג'ון הצעיר התחנך בביתו, על פי המתודה המיוחדת שפיתח אביו.
במאי 1820, עזב מיל את בריטניה. במשך שנה התגורר בבית אחיו של הפילוסוף ג'רמי בנת'הם. ביולי 1821, חזר לבריטניה, והוא בן 15.
בשנת 1822 שלח, תחת הפסבדונים "ויקליף", סדרה של חמישה מאמרים העוסקים בחופש הביטוי והדעה, לכתב העת הליברלי: " The Morning Chronichle" שלושה מן המכתבים התפרסמו בינואר ופברואר 1823.
באותה שנה, החל מיל לעבוד במשרדי "החברה למזרח הודו"
(British East India Company), בה עבד אביו (באוטוביוגרפיה שלו מציין מיל, כי ספרו של אביו אודות הודו השפיע עליו, יותר מכל שאר הספרים שקרא בנעוריו). "החברה למזרח הודו" היתה, באותה עת, חברה פרטית, אשר הוענק לה מונופול על הסחר עם מזרח אסיה בכלל ומזרח הודו בפרט. מיל נשאר בחברה עד שנת 1858, עת עבר המונופול לידי הממשלה והחברה פורקה.
בשנת 1835, מונה מיל לעורך ה: "London Review", אשר שנה לאחר מכן, התמזג עם ה"Westminster". מיל נותר עורך כתב העת עד 1840.