בשנת 1853 השתקע בפאריס והתמסר לחקר מדעי הטבע. מלחמת השחרור של איטליה בשנת 1859 הביאה אותו לחקור את היסוד הלאומי-גזעי באדם.
בעקבות כך קשר את תביעתו לשחרור הפועלים עם התביעה לשחרר את כל הלאומים משליטה זרה.
באותה עת כתב את ספרו "רומא וירושלים" בו תאר חזון שיבת ציון וניסח תכנית פעולה לציונות המדינית. על פיו על היהודים לטפח את לאומיותם בגולה עד שתוקם להם מדינה עצמאית. זאת עליהם לעשות ע"י שמירת המסורת הדתית עד הקמת סנהדרין בארץ ישראל שתשמש כמרכז רוחני. עוד טען כי אדמת המולדת חייבת להיות רכוש לאומי. על אדמת המולדת יש לייסד התיישבויות חקלאיות ומפעלי תעשיה. משתנו של משה הס זכתה להערצה רבה מצידו של הרצל.
נפטר בשנת 1875 בפאריס. עצמותיו הובאו לקבורה ונטמנו בקבוצת כנרת בשנת 1961.