עם חזרתו לאתונה, הקים בה אפלטון מעין מדרשה לפילוסופיה, רטוריקה ומדע. למעשה, היה זה המוסד הראשון להשכלה גבוהה.
שמה של המדרשה, "אקדמיה", ניתן לה היות ושכנה ליד חורשה המוקדשת לגיבור היווני, אקדמוס.
באקדמיה נלמדו פילוסופיה, מדעי הטבע והמדעים המדוייקים ואפשר שגם רטוריקה.
תלמידים רבים באקדמיה הפכו לדמויות מפתח בפוליטיקה, בתרבות ובמדע האתונאים, המפורסם בהם הינו הפילוסוף אריסטו.
האקדמיה נתקיימה עד שנת 529 לספירה, עת הורה יוסטיניאנוס (קיסר ביזנטיאון) על סגירתה.
עד סוף ימיו שהה אפלטון באקדמיה, פרט לשני ביקורים נוספים בסירקוסאי.