ב - 1953 התמנה יודקובסקי לרכז המערכת של "ידיעות אחרונות", ובהדרגה הפך לעורך בפועל של העיתון (העורך הראשי היה ד"ר הרצל רוזנבלום). לאחר ה"פוטש" - פרישת כמה מעורכי "ידיעות" שהקימו את"מעריב", נקלע העיתון לקשיים, אולם יודקובסקי הצליח במשך השנים, יחד עם המו"ל נח מוזס, להפוך את העיתון מעיתון קטן ובעל הפסדים לעיתון הנפוץ והרווחי במדינה. מעיתון שתפוצתו בשנות ה - 50 היתה רבע מתפוצת "מעריב", הגיעה תפוצת "ידיעות אחרונות" בשנות השמונים לכדי פי 3 מ"מעריב". יודקובסקי טבע את הנוסחה שהפכה את העיתון לפופולרי: "עיתון, שמצד אחד אינו מפחיד את השכבות העממיות, אך מצד שני - גם אינו מבייש את השכבות המשכילות של הקוראים". במדורי הדיעות, הקפיד יודקובסקי לתת במה לכותבים עם נטיות פוליטיות שונות, משמאל ומימין, וכך הרחיב את קהל הקוראים.
ב - 1984 מונה יודקובסקי לדירקטור בעיתון וב - 1986 התמנה לעורך הראשי.