עם מותו של מו"ל העיתון נח מוזס בתאונת דרכים ב - 1985, החלה תקופת מאבקים פנימיים על השליטה בעיתון שהפך בינתיים לקונצרן ענק. לצד מאבקים בין בעלי המניות, שיודקובסקי היה אחד מהם (לצד בני משפחת מוזס), היו גם חילוקי דיעות על הגמונית האיכות והתפוצה של "ידיעות אחרונות" מול מתחריו.
בגלל מאבקי שליטה וחילוקי דיעות קשים בין המו"ל ארנון מוזס (בנו של נח מוזס, שהפך לבעל השליטה העיקרי בעיתון) והעורך משה ורדי לבין דב יודקובסקי, הודח יודקובסקי מהדירקטוריון ב - 1989. בנובמבר 1989 התפטר יודקובסקי מתפקידו כעורך ועזב את "ידיעות אחרונות". הוא העביר את מניותיו בעיתון לרעייתו לאה (לבית מוגרבי) ולביתו אתי יודקובסקי-ליבר.