הרבנים הראשיים לישראל ביטלו את תמיכתם בפירוק משרד הדתות. לאחר פגישה עם אנשי השדולה הדתית בכנסת, הודיעו הרב הראשי הספרדי, אליהו בקשי-דורון, והרב הראשי האשכנזי, ישראל לאו, כי בגלל המהפכה האזרחית של ראש הממשלה, אהוד ברק, הם מתנגדים לפירוק משרד הדתות.
קול ישראל מדווח, כי הרב בקשי-דורון הסביר שבתחילה התרשם כי הכוונה היא לשפר את שירותי הדת, אך כעת נראה כי פירוק המשרד נעשה מסיבות פוליטיות, ולרבנים, שבתחילה תמכו בצעד זה, אין רצון להשתתף בכך.