במהלך מלחמת העולם השנייה שמר פרנקו על נייטרליות, ב- 23 באוקטובר 1940, בפוגשו את היטלר בהנדיי (Hendaye) טען פרנקו כי עקב מלחמת האזרחים אשר נסתיימה זה מקרוב, חלשה ספרד מכדי ללחום לצד מדינות הציר.
שלא כמו מוסוליני באיטליה, מיאן פרנקו לפגוע ביהודי ארצו, ואף התיר כניסתם של פליטים יהודים לגבולות ספרד.
ב- 1941 שלח דיוויזיית מתנדבים לבוא לעזרתם של הנאצים בחזית הסובייטית, אולם בה בעת החלה התקרבות בינו לבין ארה"ב.
התקרבות זו באה לשיאה עם תום מלחמת העולם ותחילת המלחמה הקרה, עת הוכר פרנקו כלוחם בקומוניזם.