ב - 1948, עם קום המדינה ופירוק המחתרות, התגייס קינן לצה"ל ועבר קורס מפקדי מחלקות (אחד מעמיתיו לקורס מ"מ היה רפאל איתן, שהפך לימים לרמטכ"ל). באותם ימים נרצח ברנדוט ועל קינן וחברו יעקב אשמן "שמו עין". מפקדיו בצה"ל הודיעו לו שהוא אינו ראוי להיות קצין בצה"ל והחזירו אותו לגדוד שלו. קינן החליט לעזוב את הגדוד, "לא רציתי להלחם יותר אם אינני ראוי להיות קצין בצה"ל". הוא הפך למחת"ר - אחראי על מחלקת התרבות של צה"ל, וכתב מערכונים ללהקות צבאיות. ב - 1949 השתחרר מהצבא.