בשנת 1970 מונה בקשי דורון לתפקיד רב השכונות רמת יוסף ורמת הנשיא בבת-ים. בשנת 1972 נבחר לרב הראשי של בת ים. בשנת 1975 נבחר לתפקיד הרב הראשי של חיפה, ושימש בתפקיד זה 18 שנים. בשנת 1993 נבחר לכהן כראשון לציון - הרב הספרדי הראשי לישראל.