הרב בקשי דורון מתנגד נמרצות לדרכם של הרפורמים, ושולל את צירופם למועצות הדתיות.
המשבר ביחסיו עם התנועה הרפורמית הגיע לשיא כאשר אמר בינואר 1999, בישיבת מועצת הרבנות הראשית כי "התבוללות הרפורמים מסוכנת לעם היהודי יותר מהשואה".
דבריו עוררו זעם רב בקרב התנועה הרפורמית ובחוגים רבים. הרב התנצל על דברים אלה והסביר כי הסתמך בדבריו על סטטיסטיקות לפיהן העם היהודי נכחד בגלל נישואי תערובת יותר מכפי שנכחד בשואה.