בגיל 18 החליט אלן לשנות כיוון וללכת ללמוד כלכלה. הוא למד ארבע שנים באוניברסיטת ניו-יורק וסיים בהצטיינות יתרה. הוא המשיך ללמוד שם ובשנת 1950 השיג תואר שני בכלכלה, ועבר לאוניברסיטת קולומביה כדי לעבוד על הדוקטורט שלו. הוא נאלץ להפסיק את לימודיו כאשר אזל כספו, ובסופו של דבר השלים תואר שלישי מאוניברסיטת ניו-יורק בשנת 1977.