באוגוסט 2000 אסרו רבני החרדים ליזום היתר מכירה בשנת שמיטה, דהיינו מכירת האדמה לגרים כדי להמשיך ולעבדה.
הרב בקשי דורון חלק על גדולי התורה החרדים, ובתגובה נשלל ממנו בקהילה החרדית התואר רב, ואף נשמעו קריאות להטיל עליו חרם. הרב איים להתפטר, והודיע כי הוא מפחד מהחרם. לבסוף הושגה הסכמה לפיה יפרסם הרב הודעה, בה הוא מתחייב כי הרבנות הראשית תסייע למועצות הדתיות שיסרבו להכיר בהיתר המכירה.
גורמים פוליטים האשימו את הרב בקשי דורון בכניעה לאיומי הרבנים החרדיים, אשר לדבריהם הביאה לערעור מעמדה של הרבנות הראשית.