אהוד מנור נולד בבנימינה ב - 1941 כאהוד וינר. אביו, ישראל וינר, היה חקלאי, פרדסן חובב ספרות ושירה שנהג לדבר בחרוזים עם ילדיו. אמו רחל היתה רכזת ארגון אמהות עובדות בבנימינה.
לאהוד היו עוד שני אחים, זאב הבכור ויהודה הצעיר.
כבר בגיל צעיר גילה אהוד נטייה למוזיקה ולתיאטרון. הילד הג'ינג'י שאף להיות כוכב קולנוע והקשיב לתקליטים של גרשווין וקול פורטר. כשהיה בן 10 הקים אהוד יחד עם חבר הילדות שלו מנחם פרי (לימים פרופסור לספרות ועורך ספרים) תיאטרון בשם "תיאטרון שעשוע". הם כתבו, ביימו, רקדו, שיחקו ושרו, ותושבי בינימינה צפו בהם מהמדרכה שמול בית פרי.
את לימודיו בתיכון עשה אהוד בבית הספר הריאלי בחיפה.
אביו נפטר כשאהוד היה בן 15, ואהוד, שלא הספיק להפרד ממנו לפני מותו, נשאר רדוף רגשות אשמה. השכול פקד את משפחת וינר שוב, כשאחיו הצעיר של אהוד מנור, יהודה, נהרג במלחמת ההתשה בתעלת סואץ. מות אחיו בן ה - 19 הותיר רושם קשה על אהוד, שלימים כתב לו את השיר המרגש "אחי הצעיר יהודה". הוא קרא לבנו יהודה, על שמו.