לאחר כינון ממשלת רבין ב-1992 מונה ליבאי לתפקיד שר המשפטים. בתקופת כהונתו הוקמה הסניגריה הציבורית, יזם שלוש ועדות חקירה ממלכתיות ביניהן ועדת החקירה לרצח ראש הממשלה יצחק רבין. כמו כן הוקמו בתי משפט מיוחדים לענייני משפחה ובתי משפט לעניינים מנהליים.