ברוך שפינוזה נולד באמסטרדם בשנת 1632, למשפחה יהודיה שמוצאה בפורטוגל. הוריו, אשר גלו להולנד מאימת האינקויזיציה הספרדית, היו סוחרים, ממכובדי הקהילה היהודית של אמסטרדם.
בן 6 מתה עליו אמו.
שפינוזה התחנך חינוך יהודי מסורתי וברבות הימים אף למד בישיבה. אלא שלא די היה לו בלימודי הדת היהודית, ושפינוזה החל בלימודי שפות באופן עצמאי.
במרץ 1654 נפטר אביו.
מחלוקת שנתגלעה בין שפינוזה לבין אחותו החורגת על זכות הירושה הובאה בפני בית המשפט. הוא הוכר כיורש החוקי של נכסי אביו, אולם משניתן הדין, הותיר שפינוזה לאחותו את כלל הרכוש ולקח לעצמו מתלה מעילים ומיטה בודדה.
נטייתו להתווכח עם עמיתיו תלמידי הישיבה אודות סוגיות דתיות העלתה חמתם של נכבדי הקהילה היהודית באמסטרדם, וב- 1656 נודה מן הקהילה היהודית ואף גורש לזמן קצר מאמסטרדם.
על אף שסירב לחזור בו מטיעוניו, לפיהם אין עדות בתנ"ך לאל בלתי-מוחש, לאל-מותיותה של הנשמה או לקיומם של מלאכים, ואף אימץ את הגרסה הלטינית של שמו (בנדיקט), נראה שלא מאס ההוגה הצעיר ביהדותו, שכן שפינוזה לא חדל מלבקר מדי פעם בפעם בבתי כנסת ואף הקדיש חלק ניכר מהגותו למחקר הפילוסופיה היהודית.
משנודה מיהדות אמסטרדם, עסק שפינוזה תקופה קצרה בהוראה (נראה שעסק בעיקר בהוראת משנתו של דקארט), אולם עד מהרה מצא עניין בתהליך ייצור העדשות, ועזב את מקצוע ההוראה לטובת חיי טוחן ומלטש עדשות.
מקצוע זה היה מקור הכנסתו העיקרי, ולעתים היחיד, של שפינוזה משך שארית ימיו הקצרים.