בוש שקל להתמודד על משרת מושל טקסס כבר ב-1990, אך ויתר, בין השאר, לדבריו, משום שאמו ביקשה ממנו. בסיבוב הבא בחר בכל זאת להתמודד, וב-8 בנובמבר 1994 נבחר לתפקיד. ב-3 בנובמבר 1998 היה מושל טקסס הראשון שנבחר לקדנציה שניה רצופה, עם 68.8 אחוזים מהקולות.