עם תום מלחמת העולם השנייה, מונה חורון לראש מחלקת התרגומים והשפות השמיות של האו"ם אשר נוסד זה מקרוב. אולם כאשר הוכרזה הקמת המדינה, מיהר חורון לעזוב את משרתו, למען יקים לו בית בארץ ישראל.
בארץ הוזמן על-ידי פרופ' בן-ציון נתניהו לערוך את תחום הפרהיסטוריה של האנציקלופדיה העברית. אולם עם התמנותו של פרופ' ישעיהו לייבוביץ לעורך ראשי, התפטר ממשרתו בטענה שהאנציקלופדיה נערכת על ידי דתיים.
מפח נפש ספג גם מתנועת "העברים הצעירים" בהנהגת רטוש, אשר על אף שחלק לו כבוד, והזמינו לפרסם מאמריו בביטאון התנועה - "אלף", שלט על הקבוצה שלטון יחיד ללא עוררין. חורון הפך לדמות משנית בקבוצה שצמחה על כנפי תורתו שלו.
מאוכזב, חזר חורון, לאחר שהות של כשנה בישראל, לארה"ב.