עם שובו לארה"ב, הקים חורון את "מכון אסיה", אשר עסק בסוגיות הקשורות ב"ארץ הפרת" - היא איזור הסהר הפורה מימי קדם, ובשאלת הזהות הלאומית הערבית, אשר חורון ראה בה פיקציה בת-זמננו.
במקביל פירסם חורון קובץ מאמרים, "הלבאנט והפרת" אשר עסק בסוגיות אלו.
בשנת 1958 חזר לארץ בעידוד אישתו עדה. הוא חידש קשריו עם רטוש והתנועה הכנענית הדועכת.
ב- 1965 השתתף בייסוד "מועדון למחשבה עברית" ופירסם סדרת מאמרים בביטאון "קשת", מייסודו של אהרון אמיר.
ב- 1967 השתתף עם רטוש בהוצאת כתב-העת "אלף" המחודש.
בשנת 1970 ראה אור הספרון "המזרח התיכון - ארץ קדם" בו פרש חורון את משנתו.
שנתיים לאחר מכן נפטר מהתקף לב.
חורון מעולם לא זכה בהכרה הציבורית הראוייה לו כאבי התנועה הכנענית, או בהכרת האקדמיה בישראל בתרומתו למחשבה, ההיסטוריוגרפיה והשפה העברית.