זמיר היה חתן פרס ישראל בחקר המשפטים לשנת תשנז.
בראש ועדת השופטים אשר העניקה את הפרס לשופט זמיר עמד הפרופסור דניאל פרידמן והשתתפו בה הפרופסורים ברוך ברכה וידידיה שטרן והשופט צבי טל.
בנימוקים להחלטה להעניק את הפרס לשופט זמיר כתבו חברי הוועדה כי השופט זמיר תרם תרומה משמעותית לקידומו של המשפט הציבורי בישראל ולעיצובו,חיבר חיבורים בארץ ובעולם ותרם גם במילוי תפקידים ציבוריים, בראשם כיועץ משפטי לממשלה, לחיזוק שלטון החוק בישראל.