בשנת 1525 קיבל נוסטרדמוס רשיון לעסוק ברפואה וזמן קצר לאחר מכן, החל לטפל בנגועים במגיפת הדבר בדרום צרפת.
לשם טיפול במחלה, פיתח נוסטרדמוס פתרונות יצירתיים, תוך שימוש בפסיכולוגיה וסוגסטיה, קנה לו מעמד רם בקרב האקדמיה הצרפתית.
שמו הלך לפניו כמרפא בעל כוחות עילאיים.
ב- 1529 חזר למונטפלייר על-מנת ללמוד לתואר דוקטור.
עם סיום לימודיו ב- 1531, הוצעה לו משרה באוניברסיטה. נוסטרדמוס נעתר להצעה אולם עזב את מונטפלייר מקץ שנה והחל לנדוד ברחבי צרפת.
לבסוף התיישב באגין (Agen), שם נשא לו אישה, אשר ילדה לו בן ובת.
ב- 1534 נפטרו אישתו וילדיו, כנראה ממחלת הדבר.