בוורברג המשיך שפינוזה לעבוד על יצירת המופת שלו "תורת המידות" ("Ethica"), אשר אופיינה על-ידי הדגמה במבנה לוגי חמור. את ה"אתיקה" סיים בשנת 1675, אולם היצירה פורסמה רק לאחר מותו.
ב- 1670 פירסם בעילום שם את "טרקטטוס תיאולוגי מדיני" ("Tractatus Theologico-Politicus"), על ההוויה המדינית הקדומה. בספר פירט שפינוזה את משנתו הדתית, אשר נתפסה כשערורייתית באותה עת. הוא טען שכתבי הקודש אינם אלא צווים, אשר נוסחו בידי בעלי עניין, כאשר תכליתם יישומית - להנחיל ערכי מוסר לפשוטי העם. הנחלת הערכים נעשית בכח ההרתעה, מתוך סמכותיות, ולא באמצעות נימוקים רציונליים.
יתרה מכך, בספר הטיף שפינוזה לסובלנות ולהפרדת הדת והמדינה.
כעבור ארבע שנים מפירסומו, הוחרם הטרקטטוס.
במאי 1670 עבר להתגורר בהאג.