החמאס התנגד לחתימת הסכם הצהרת העקרונות בין ישראל לבין אש"ף ב-13 בספטמבר 1993. ופתח בסדרה של מעשי טרור בעקבותיו, שהתרחבו לאחר טבח מערת המכפלה. באוקטובר 1994 חטפה חולייה של עז א-דין אל-קסאם את החייל נחשון וקסמן, שנהרג על-ידי שוביו בעת שצה"ל ערך ניסיון לשחררו, במטרה להביא לשחרור אנשי חמאס העצורים בידי ישראל ולהשעיית שיחות קהיר בין ישראל לאש"ף. בינואר 1996 הצליחה ישראל לחסל את "המהנדס" בעזה באמצעות פלאפון ממולכד. כעבור חודשיים, בסוף פברואר ותחילת מארס הגיבו חוליות עז א-דין אל-קסאם בסדרה של פיגועי התאבדות באוטובוסים בירושלים ובתל-אביב. גל הפיגועים הוביל לדרישות חריפות מצד ישראל כלפי הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת, לנקוט צעדים ממשיים נגד ארגוני הטרור.
כיום קיימים חילוקי דעות בתוך החמאס באשר לגישה שעליו לנקוט כלפי הרשות הפלסטינית. על אף העובדה שהרשות עצרה כמה ממנהיגי החמאס בעזה, קיימות הבנות אופרטיביות מסויימות בין שני הגופים, אם כי אין הוכחה לכך שקיים תיאום ביניהם באשר לפיגועים שמבצע החמאס. יש לציין כי התיאום בין הזרוע הפוליטית והזרוע הצבאית של החמאס רחוק מלהיות מלא.
החמאס לא השתתף בבחירות למועצת הרשות שהתקיימו בינואר 1996.
במארס 1996 הוקמה "מפלגת ההצלה האיסלמית הלאומית" שרבים ממקימיה הינם אנשי חמאס.