אחד מנסיונות האצ"ל להביא נשק לארץ בנפרד הפך לאחת הפרשות העגומות ביותר בתולדות המחתרות, פרשת האוניה "אלטלנה".
בשנת 1948 שנרכשה האוניה ע"י האצ"ל ועשתה את דרכה לישראל כשעל סיפונה 900 לוחמי ונשק רב. בזמן שעשתה דרכה לארץ חתם האצ"ל על הסכם עם ההגנה לפיו האצ"ל יפסיק רכישות עצמאיות של נשק ותחמושת. כאשר הגיעה האוניה לחופי הארץ דרשה ההגנה את כניעתה המוחלטת ומסירת הנשק שעל הסיפון לידי ההגנה. לאחר כישלון מו"מ הורה בן גוריון להכניע את האוניה בכח. פגזים נורו על האוניה ואחד מהם החל להעלותה באש. הניצולים קפצו למים אך חברי ההגנה המשיכו לירות עליהם. בקרב זה נהרגו 16 חברי אצ"ל.
לאחר הכרזת העצמאות הלך וגבר שיתוף הפעולה בין כוחות האצ"ל וההגנה עד שנשתלבו ביחידות סדירות של ההגנה. לאחר הקמת צה"ל נחתם הסכם ביוני 1948 לביטולו של האצ"ל וגיוס לוחמיו לשורות צה"ל.