הפסדו של סובצ'ק נתן את האות למעברו של פוטין למוסקבה.
עד מרץ 1997 מינה ילצין את פוטין לדאוג כי הוראותיו יבוצעו.
פוטין החל לבנות את עתידו והחל לאייש בתפקידי ניהול בני ברית מהק.ג.ב.
עד מאי 98 קודם פוטין פעם נוספת ומונה לתפקיד סגן הרמטכ"ל.
וכחודשיים אח"כ מונה לראש שירותי הביון החדשים של רוסיה ה-FSB פוטין סגר מעגל וחזר לימיו כמרגל.
במאי 99 מונה פוטין לתפקיד מזכיר מועצת הביטחון ובעצם תיאם בין הצבא ושירותי הריגול השונים ברוסיה.
פוטין היה מקבל החלטות עיקרי במהלך קונפליקט קוסבו והפלישה הצ'צ'נית לדג'סטן.
באוגוסט 1999 פיטר ילצין את ראש ממשלת רוסיה,סרגיי סטפשין, ומינה את פוטין במקומו,והכריז עליו כעל יורשו העתידי.