ההתחברות לסוציאליסטים מתונים גרמה לפיצול בקומאינטרן, אשר הזכיר במידה רבה את הפיצול שנתגלע באינטרנציונל השני ערב מלחמת העולם הראשונה.
נוצר אגף שמאלני ובראשו טרוצקי, אשר דרש נטישת מדיניות "החזית המאוחדת".
בנובמבר 1922 נתכנס הקונגרס הרביעי של הקומאינטרן, והביע תמיכתו בהמשך המדיניות.
בינואר 1924 נפטר מנהיג הבולשביקים, ולדימיר איליץ' לנין, והחל המאבק על הירושה. המאבק, אשר נסוב סביב טענותיהם של סטלין וטרוצקי, הורגש גם באינטרנציונל, עת ייצג טרוצקי את האופוזיציה השמאלנית, אשר התנגדה ל"חזית המאוחדת" וסטלין את האגף הצנטרליסטי, שתמך בה.
הקונגרס החמישי, שהתכנס ביוני 1924, אישר שוב את מדיניותו של סטלין, הוקיע את טרוצקי והטרוצקיזם, והחליט על "בולשביזציה" של האירגונים המסונפים לקומאינטרן. מבין ההחלטות, הייתה זו האחרונה, הרת גורל במיוחד, מאחר וסללה את הדרך למדיניות הטיהורים הסטליניסטית, וקיבעה את מעמדו של הקומאינטרן ככלי משחק בידי המנהיג החדש, יוזף סטלין.
עלייתו של סטלין הפכה לבסוף את הקומאינטרן לכלי ריק, מכאן ועד לפירוק האירגון ב- 1935, לא יהיה כל תוקף להחלטות הצירים, אלא אם יאשרן "האח הגדול".
והנה, גם תדירות הקונגרסים ירדה, והקונגרס השישי עתיד היה להתרחש רק ב- 1928, כארבע שנים מתום קודמו.