בשנת 1999 חזר למפלגת העבודה, הגיע למקום הרביעי בפריימריז של המפלגה, ועמד בראש צוות ההיגוי וההסברה במערכת הבחירות.
לאחר שלא הוצע לו תפקיד מטעם ראש הממשלה הנבחר אהוד ברק, התמודד מול שלום שמחון -מועמדו של ברק- לתפקיד יושב ראש הכנסת וניצח.
מונה לתפקיד יושב ראש הכנסת, ומכהן בתפקיד זה עד היום.
בורג שוקל -לדבריו- להתמודד על ראשות מפלגת העבודה, אך מסרב -בשלב זה- להתחייב על מועד ההתמודדות.