היריב ההסטורי של גלי צה"ל היא תחנת הרדיו הממלכתית, "קול ישראל". אנשי "קול ישראל" התנגדו להקמת גלי צה"ל מלכתחילה - אולם כפשרה הוחלט שבשנותיה הראשונות תשדר התחנה "בתיאום עם קול ישראל". שעות השידור היו רק בערב, והנושאים הוגבלו לתחומי הצבא והחינוך. אולם ההתפתחות הטבעית של התחנה הצעירה לא נעצרה, ב - 1956 הפכה התחנה לממלכתית בתוקף נספח 48 לחוק רשות השידור וב - 1962 הורחבו שידוריה גם לשעות הבוקר. נוספו שידורי מוזיקה קלה וגם תסכית רדיו מקורי שהפך ללהיט - "משפחת שמחון". ב"קול ישראל" הגיבו בתרעומת על הפלישה לשעות ולתחומים שהתחרו בשידוריהם, ודרשו לכפוף את גלי צה"ל לרשות השידור. במלחמת ששת הימים כבר שידרו שתי התחנות בנפרד, וכתבי גל"צ הצעירים הוכיחו כבר אז את יתרונם: הכתב הצעיר יוסי רונן השיג אז את ההקלטה ההסטורית של הרב גורן עם כיבוש הכותל.
עד 1973 לא היתה לגל"צ חטיבת חדשות, והתחנה קיבלה את שידורי החדשות מקול ישראל.
עם פרוץ מלחמת יום כיפור עברה גל"צ לשדר שידורי חירום. הדיווחים השוטפים מהשטח וההצטיינות העיתונאית של הכתבים סללו את הדרך להקמת חטיבת החדשות העצמאית של גל"צ ולמעבר לשידורים של 24 שעות ביממה. מאז 1973 גל"צ אינה תלויה בקול ישראל. חטיבת החדשות שלה היא מהמובילות בארץ - בית ספר לתקשורת שמכשיר מדי שנה עיתונאים מקצועיים.
מאז הקמתה, מאויימת התחנה הצבאית והממלכתית מדי כמה שנים בסגירה, קיצוצים והגבלת סמכויות. למרות הקשיים, גלי צה"ל היא ההוכחה שהרוח הצעירה והמקצוענות של אנשיה מסוגלים להביס כל בירוקרטיה.