מארי עברה להתגורר עם אחותה הגדולה באילינוי,שם הכירה את לינקולן אשר היה מבוגר ממנה ב-9 שנים ועסק בעריכת דין.
השניים נישאו ב-4 לנובמבר 1842, נישואים אשר הניבו 4 בנים מהם הגיע לבגרות רק אחד,רוברט טוד לינקולן.
כאשר לינקולן נבחר לנשיאות בשנת 1860 סברה מארי כי שאיפותיה התגשמו ,אולם עד מהרה הבינה כי הבית הלבן אינו מה שציפתה.
לשונה החדה קנתה למארי אויבים רבים במיוחד כאשר בחשה בעניינים לא לה.
בשנת 1862 מת בנה השלישי,וויליאם, כאשר הוא בן 12 שנים בלבד,מותו ערער את מארי לחלוטין גם לאור העובדה כי בנה השני,אדוארד, מת בינקותו.