מארי הייתה עם הנשיא לינקולן בתיאטרון פורד בלילה בו הוא נורה, לאחר הרצח בתאריך 15 לאפריל 1865 התערער מצבה הנפשי של מארי ולא התייצב עוד,מארי הפכה לאשה נוירוטית האובססיבית לגבי מצבה הכלכלי.
למארי לא הייתה כל סיבה לדאגה כלכלית שכן הייתה זכאית לקיצבה שנתית אשר אושרה ע"י הקוגרס ועמדה על סך של 3000$ לשנה בתחילה ומאוחר יותר על סך של 5000$ לשנה,שני הסכומים איפשרו באותה העת חיים נוחים מבחינה כלכלית.
בשנת 1871 מת בנה הצעיר,תומס,כאשר הוא בן 18 בלבד,מותו של תומס היה הקש ששבר את גב הגמל מבחינת נפשה המצולקת של מארי.
בשנת 1875 החלה מארי להראות סימנים של אי שפיות ובנה רוברט, היחידי שנותר בחיים, יזם והצליח להביא להליך משפטי אשר בסופו הוכרזה מארי כלא שפויה, ואף אושפזה.
מארי טוד לינקולן סיימה אצ חייה הטרגיים ב-16 ליולי 1882.