ארנסטו גווארה נולד ברוסריו, בדרום ארגנטינה. הוא היה הבכור מבין חמשת ילדיהם של ארנסטו לינץ' גווארה, סוחר וארכיטקט אמיד ממוצא אירי-ארגנטינאי, וסליה דה לה סרנה, אידיאליסטית ממוצא ספרדי.
נוכח מחלת האסטמה ממנה סבל ארנסטו הצעיר, עברה המשפחה, ב- 1923, לאלטה גרציה, במחוז קורדובה.
גווארה הנער מיעט לבקר בבית הספר היסודי, והתחנך בעיקר בידי אמו השמאלנית. בגיל צעיר נוהג היה לקרוא בכתבי קארל מארכס והוגים סוציאליסטים אחרים.
בשנת 1948 החל במסע ברחבי ארגנטינה, ושלוש שנים לאחר מכן עשה דרכו לצ'ילי ופרו. תקופה קצרה שהה בצ'ילי והמשיך מסעו באמריקה הלטינית וארה"ב.
ב- 1953 שב לבואנוס ובמרץ של אותה שנה סיים לימודיו ברפואה.
ד"ר גווארה הצעיר, אשר התמחה כתלמיד במחלות טרופיות, מיהר, עם הסמכתו, לעזוב את ארגנטינה ולצאת למסע שני ברחבי דרום אמריקה.
תחילה, שם פעמיו לבוליביה, שם התרועע עם קבוצות רדיקליות שונות, ולבסוף, התלווה לאחת מהן לפרו, אקוודור ופנמה.
בסוף 1953 הגיע לגואטמלה, שם התנסה לראשונה בפעילות מהפכנית של ממש. גואטמלה הייתה באותה עת נתונה לשלטון סוציאליסטי מתון בהנהגת הקולונל ג'ייקובו ארבנז (Arbenz), אשר הבטיח חלוקה חדשה של האדמות והנכסים. בימים אלה, תחילת המלחמה הקרה, היוותה גואטמלה צינים בין עיניה של ארה"ב. כך, באמצע 1954 הפיל השירות החשאי האמריקני את שלטון ארבנז.
אירוע זה עיצב במידה רבה את השקפותיו של גווארה. ההתערבות האמריקנית היוותה עבורו את ההוכחה לכך שארה"ב לעולם לא תידום למול מהפיכה סוציאלית בדרום.
מגוואטמלה נס גווארה כחודשיים לאחר הפלת ארבנז, וביולי 1955 התיישב בניו מקסיקו, שם פגש באדם שעתיד היה לשנות את חייו ולגלות לו ייעודו, פידל קסטרו.