ב-1978 שב יצחק הרצוג לארץ והתגייס לצה"ל. הוא שירת כמש"ק וקצין מודיעין ביהודה, שומרון וסיני. כך המשיך את המסורת המשפחתית: אביו היה ראש אמ"ן ואחיו מיכאל משרת עד היום בתפקידי קצונה בכירים במודיעין.