צ’ה - אידיאולוג ובירוקרט

קובה הפכה למדינה קומוניסטית במובהק; אולם בניגוד לקסטרו אשר הצהיר על עצמו כמארכסיסט-לניניסט אדוק, נוהג היה צ'ה להביע הסתייגות מן הקולקטיביזם הסובייטי, ולהדגיש כי תנאיה המיוחדים של קובה, האגררית ברובה, דורשים סוציאליזם שונה מזה האירופי, מעין מארכסיזם התפור למידותיה של קובה.

עם התבססות השלטון החדש, נשלח צ'ה למסע הסברה דיפלומטי בארצות הגוש הקומוניסטי. במסגרת המסע הבהיר צ'ה למעצמות הקומוניסטיות את טיבה של המהפיכה הקובנית ופתח את הדרך לקשרי המסחר האמיצים בין קובה וברה"מ, קשרים שהפכו ברבות הימים לאבן הפינה של הכלכלה הקובנית עד לנפילת ברה"מ ב- 1991.

ביוני 1959 נשא לאישה את אליידה מרץ' (Alieda March).

עם חזרתו התמנה גווארה, באוקטובר 1959, לראש מחלקת התעשיה הקובנית (INRA), וחודש לאחר מכן, לנשיא הבנק הלאומי של קובה. במסגרת תפקיד זה שיחק גווארה תפקיד חשוב בסוציאליזציה של הכלכלה הקובנית. כנציג האגף השמאלני-רדיקלי בקרב המהפכנים, שמר צ'ה על אופיה הקומוניסטי קובה תוך שימת לב לאופיה החקלאי המיוחד.

במידה רבה, המהפכן הקוסמופוליטי, אשר כל תנועותיו אומרות אידיאליזם צרוף, היה הרוח החיה מאחורי המהפיכה הסוציאליסטית בקובה, ויתרה מכך, הבסיס האיתן של שלטון קסטרו. העם הקובני אהב את צ'ה, את מראהו הצעיר והרענן, את עיניו חדורות הלהט ואת חוסר נכונותו להתפשר.

מהפיכות רבות, בעיקר אלו הנושאות הבטחה לעתיד אוטופי, נוטות עם הזמן להסתאב, להתעייף, ולהתפכח, ואילו הוגה ארגנטינאי זה, העמיד לרשותה של קובה, למודת השחיטות והרודנות, מלאי בלתי נדלה של אנרגיה, חזון והגות.
דמותו של צ'ה נתפסה תמיד (וטיעון זה כוחו יפה גם לימינו) כדמות הלוחם, ולא הבירוקרט.

באפריל 1960 ראה אור ספרו "לוחמת גרילה" ("Guerra de Guerrillas"). הספר נאסר לפירסום ברוב מדינות אמריקה הלטינית.

באותה עת מונה צ'ה לראש אגף ההסברה של הצבא הקובני, תפקיד שתכליתו להנחיל את הדוקטרינות הסוציאליסטיות לצבא, אשר נתפס בדרך כלל כגורם ריאקציוני. תכלית זו הייתה ראשונה במעלה נוכח האיום האמריקני מצפון והגורמים הקונטרה-מהפכנים מבית. קסטרו שם לו למטרה לשמור על מונוליטיות מירבית בשורות הלוחמים.