משנתו של גווארה פרושה בשני כתבים עיקריים: "לוחמת גרילה" ("La Guerra de Guerrillas, 1960") ו"הפרט והסוציאליזם בקובה" ("El Socialismo y el Hombre en Cuba", 1965). אולם גם חייו של האידיאליסט הלוחם מהווים מקור להבנת הקומוניזם לפי צ'ה.
גווארה קיבל רבים מעקרונות היסוד של מארכס ולנין, אולם דחה דוקטרינה מארכסיסטית מרכזית, לפיה הפרולטריון העירוני כגוף אחד, הוא שיוביל את המהפיכה הסוציאליסטית.
המהפיכה באמריקה, אליבא דגווארה, מן הראוי שתהיה מעשה ידיהם של חקלאים מאיזורי הספר, המאורגנים ביחידות גרילה רצחניות. מכאן שהמהפיכה "הגווארית", האגררית במהותה, איננה המהפיכה הקומוניסטית אותה ניבא מארכס.
מכאן מסיק גווארה שמהפיכה איננה הליך היסטורי דטרמיניסטי, כפי שטענו מארכס ולנין, אלא יוזמה פרטיקולרית של מגזרים מקופחים הלוקחים לידיהם נשק.
גווארה חשש מפני הסתאבות השלטון הקובני הפוסט-מהפכני, וראה בבירוקרטיה הסובייטית סימן אזהרה לכל מהפכן מתחיל. עם זאת, חלקה הארי של הגותו התרכזה סביב שאלת תפיסת השלטון, ולא סביב סוגיית טיבו הפוסט-מהפכני.
כאן ניכר האוטופיזם של גווארה במלוא עוצמתו, ונראה שגורם זה הוא שהביאו לוותר על אזרחותו ומשרתו הקובניות, לטובת הפצת הבשורה המהפכנית בארצות אחרות.
לאחר מותו הפך צ'ה למיתוס, ופניו מתנוססים מעל חולצותיהם של סטודנטים רדיקליים וזמרי רוק פופוליסטיים. תורתו עוותה והוצאה מהקשרה פעמים רבות.
הוא היווה השראה ללוחמי וייטקונג רבים ומהפכנים ברחבי העולם כולו ובפרט באמריקה הלטינית.
פעמים רבות נשכח מלב הפן האלים והרצחני של תורתו, כמו גם הקומוניזם האוטופי שלו, וצ'ה הפך לסמל לאדיקות ולדבקות במטרה. יותר מכל, הפך צ'ה למרטיר, למעין קדוש מעונה חילוני, אשר חי לפי תורתו, ומת למען ערכיו.